Tiedostojärjestelmätuen osalta voin vastata helposti: Natiivisti UFS ja ZFS. Helpoimmin tiedostot siirtyvät linuxista FreeBSD:hen väsäämällä Linuxilla ZFS osion ja kopsaamalla kamat sinne, sitten liittää sen aikanaan FreeBSD:ssä zfs:än omalla mounttaustyökalulla.
NTFS tuki on olemassa mutta no oma kokemus on, että muutama kymmenen gigaa siirtyy ok, muutama sata ja sitten tulee ongelmaa. Ilmeisesti sama Linukan EXT systeemien kanssa.