Tehtävän voi varmaankin tehdä vaikka kuinka monella tavalla, mutta itse tekisin sen pythonilla. Python-tulkki tulee useimpien jakeluiden mukana (myös Ubuntu), etkä tarvitse kääntäjää.
Tee tiedosto skripti.py, johon tallennat seuraavan skriptin:
#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
import os
A = open('tiedostoA', 'r')
B = open('tiedostoB', 'r')
C = open('tiedostoC', 'w')
sizeA = os.path.getsize('tiedostoA')
sizeB = os.path.getsize('tiedostoB')
i = 0
while i < sizeA or i < sizeB:
	if i < sizeA-1:
		A.seek(i)
		C.write(A.read(1))
	if i < sizeB-1:
		B.seek(i)
		C.write(B.read(1))
	i += 1
Tämän jälkeen ajat sen: python skripti.py. Vaihda koodissa olevat tiedostojen nimet haluamiksisi.
EDIT: Tein vielä extrana skriptin, joka tekee asian toiseen suuntaan. Se siis pilkkoo C:n kahteen muuhun tiedostoon tavuittain:
#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
import os
A = open('tiedostoA', 'w')
B = open('tiedostoB', 'w')
C = open('tiedostoC', 'r')
sizeC = os.path.getsize('tiedostoC')
i = 0
while i < sizeC:
	C.seek(i)
	A.write(C.read(1))
	C.seek(i+1)
	B.write(C.read(1))
	i += 2