Mää mitää tiä, mutta jos Filenames2.txt sisältää kaiken tarpeellisen, miksi ihmeessä käydä läpi muuta kuin sitä?
Pythonilla homma hoituisi jotenkin näin:
#!/usr/bin/python
import os
f = file('Filenames2.txt', 'r')
for s in f:
vanha, uusi = s.split(',')
vanha = vanha.strip() + '.wav'
uusi = uusi.strip() + '.wav'
os.rename(vanha, uusi)
f.close()