Käynistitkö koneen tai X:n uudelleen poistamisen jälkeen?
Tekikö Xubuntu automaattisesti uudet asetukset, eli tuliko sinne takaisin tuo .configure hakemisto?
Muistele vielä mitä teit ennen sitä, kuin kone sekosi. Asentanut jotain paketteja yms. Kääntäny jotain lähdekoodista, muutellu tekstitiedostoja, poistanu tiedostoja kotihakemsiton ulkopuolelta...
Huomioi myös, että ongelmat saattavat ilmetä vasta, kun uudelleenkäynnistät koneen. Itse ihmettelin joskus, että miks ei yhtäkkiä lähde X käyntiin, niin olin 4 päivää aiemmin säätäny jotain ja kone oli ollu päällä koko ajan. Sitten kun saammutin koneen ja käynnistin seuraavana päivänä, olin tyystiin unohtanu, että olin joskus säätäny asetuksia.