Voihan se olla fstabissa asetettu toisin.
Näytäpä, miltä fstab näyttää.
En koennut ongelmia järjestelmien tai osioiden osalta, joissa on ntfs.
PS. Takuuvarmasti voit kohdata ongelmia, jos käytät eri (käyttöjärjestelmien) ohjelmistojen (tai niiden eri versioiden) tallennukseen samoja hakemistoja/tiedostoja.
Tuokaan ei liene ongelma, jos käytössä on useamman koneen käytössä oleva tiedostopalvelin.