Joka tapauksessa Okularin kirjanmerkkejä ei mielestäni ole mietitty loppuun asti. On täysin luonnollista tehdä, varsinkin parisataa parisataa sivua käsittävään tiedostoon, kirjanmerkkejä ja tehdä tiedostosta varmuuskopio toiseen hakemistoon tai toiselle levylle. Okularissa kirjanmerkit katoavat silloin.
Siksi minun mielestäni on harmillista, että muuten niin hyvä ohjelma kuin Okular on, siinä ei ole ajateltu pitkiä tiedostoja.
Kyllä niitä on ajateltu, mutta niitä kirjanmerkkejä ei ole tarkoitettu "pysyvien" tiedostoon kirjoitettavien merkintöjen tekoon (tässä pitää ottaa huomioon myös se, millaisia tietoja ylipäätään voi tiedostoon kirjoittaa tiedostoformaatista riippuen tiedostoa rikkomatta, kun okular tukee useita formaatteja).
Jos haluat esim. tehdä pitkään pdf-tiedostoon "pysyviä" (kyseiseen tiedostoon tallennettavia merkkejä, tyyliin "tämä on tärkeä kohta"), kannattaa tehdä 'Merkintöjä' 'Kirjanmerkkien' sijaan.
'Kirjanmerkit' on luonteeltaan kuin kirjahyllyyn kiinnitettyjä post-it -lappuja, tyyliin "tämä kirja on kesken", "tämä pitää vielä lukea" tai "tästä aiheesta löytyy lisää näistä kirjoista".
Koska laput on kirjahyllysssä (vrt. bookmarks.xml), niiden toiminta on riippuvainen kirjojen sijainnista (järjestelmä pettää, jos viet vaikka kirjoja vinttiin, ellet palauta niitä takaisin paikalleen. Jos muutat, kirjahylly pitää viedä mukana ja laittaa kirjat samaan järjestykseen, jne.). Etuna on se, että kirjanmerkit näkyvät yhdellä vilkaisulla, ilman että jokaista kirjaa tarvitsee avata, jotta kaikki kirjanmerkit näkisi.
Jos nyt kysyt, miksei niitä post-it lappuja voisi liimata kirjan selkämyksiin (jotta ne liikkuisi kirjan mukana), niin elektronisessa maailmassa niillä tiedostoilla ei oikein ole sellaisia 'selkämyksiä' mihin lapun voisi kiinnittää.
Teoriassa olisi kyllä mahdollista toteuttaa Okulariin joku toiminto tyyliin "siirrä (tai kopioi) tiedosto ja muokkaa kirjanmerkit vastaamaan uutta sijaintia", mutta tälläinenkaan toiminto ei kykenisi huomioimaan okularin ulkopuolella tehtyjä siirtoja/kopiointeja.