Vähän epäloogista kyllä, että Gnomessa työpöytä on ympätty osaksi tiedostonhallintaa. Vaikuttaa vähän windowsilta?
nautilus --no-desktop käynnistyskäsky auttaa siihen, 
mutta Thunar:a kannattaa käyttää, se on selkeämpi ja keveämpi ja ja... 

kts. 
man nautilus ja 
nautilus --helpItselläni katosi yllättäen tänään Xfce4 työpöytä kokonaan (Edgy-beta), ei jäänyt kuin hiiri, ei edes hiiren menua.
Aikani käynnistelin uudelleen ja ihmettelin että mikä (teema siltä oli virheiden perusteella hukassa)
No kun en keksinyt muuta, niin palautin 
~/.config/xfce4 hakemiston (eilisestä) backupista.
(joka päivä varmuuskopioituu home(t) ja /etc minulla, ei pääse käymään köpelösti jos erilaiset beta-versiot tekee temppuja) Varmuuskopiointi siis kannattaa, ihan oikeasti. 

Xfce4 asetukset on 
~/.config/xfce4 hakemistossa ja sen alihakemistoissa olevissa XML-tiedostoissa.
Sieltä niitä voi hämmästellä. Kannattaa myös tarkistaa mitä on käynnissä:
pgrep -l xfce kertoo sen. Muistaakseni ainakin 
xfce4-session pitää olla käynnissä jotta työpöytä toimii.
edit:
xfwm4
xfce4-session
xfce-mcs-manager
xfce4-panel
xfce4-menu-plug
xfdesktop
tuommoiset löytyy minulta kun Xfce4 työpöytä on käynnissä 
ps -A komennolla näkee parhaiten.
xfdesktop, kuten Teuvo yllä totesi, on se joka työpöydällä kuvakkeet piirtelee yms.
Jos se ei ole käynnissä, niin sitten komento 
xfdesktop & ja sen jälkeen oitis 
Quit menusta.
Laita siihen End Session-valintaikkunaan täppä kohtaan 
Save session for future logins ja kirjaudu ulos / sisään.