Riippuen suoritusympäristöstä tiedostot ovat voineet päätyä joko levyn juuressa sijaitsevaan roskakoriin, /root-hakemiston roskakoriin tai käyttäjän omaan roskakoriin rootin oikeuksin. On myös mahdollista, että Caja kytkee roskakorin pois käytöstä silloin, kun sitä käytetään root-oikeuksin, ja poistaa sen sijaan tiedostot suoraan.
Eli tarkista ensin, onko juuriosion juuressa roskakoreja:
sudo ls -ld /.Trash*
Roottina eli UID=0 -tunnuksella poistetut tiedostot päätyvät .Trash-0 -hakemistoon. Siellä sijaitsevat tiedostot voi listata komennolla:
sudo ls -l /.Trash-0/files/
Jos koneessa on useampia levyjä tai jos levyllä on muita osioita, niissä voi olla omat roskakorinsa jokaisen osion juuressa.
Tarkista sitten root-tunnuksen omassa hakemistossa sijaitseva roskakori:
sudo ls -l /root/.local/share/Trash/files/
Sekä oman tunnuksesi roskakori:
sudo ls -l $HOME/.local/share/Trash/files/
Tiedostojen poisto onnistuu rm-komennolla, mutta sen kanssa on syytä olla huolellinen, ettei poista vahingossa jotain muuta kuin mitä oli tarkoitus. rm:ssä ei ole minkäänlaista roskakoritoimintoa. Valitsimella -i saat rm:n vahvistamaan jokaisen tiedoston poiston erikseen:
sudo rm -i /.Trash-0/files/*