Minulla määritys on jo olemassa by default:
$ grep nautilus /usr/share/applications/defaults.list
inode/directory=nautilus-folder-handler.desktop
Sitä ei siis tarivitse lisätä henkilökohtaisiin asetuksiin. Jos kuitenkin lisäät omia määrityksiä, niin ota huomioon että netti on pullollaan ohjeita joissa kerrotaan polku ~/.local/share/applications/mimeapps.list, mutta nykyään tiedoston mimeapps.list oikea paikka on ~/config/.
Silloin kun tiedostoselaimessa (nautilus) täppää tiedostoa hiiren valikkonäppäimellä ja valitsee "Ominaisuudet" ja siellä sitten välilehdellä "Avaa sovelluksella" valitsee jonkun ohjelman, niin nautilus kirjoittaa sen määrityksen juuri tiedostoon ~/config/mimeapps.list. Katso onko tiedostoon vahngossa tullut lisätyksi jotain höpöä.Jos välilehteä "Avaa sovelluksella" ei näy, lisää tiedostolle suoritusoikeus (sen voi ottaa taas pois myöhemmin).