Apt:n välimuistissa (/var/cache/apt/archives) on ladattuja deb-pakettitiedostoja. Niitä ei käytännössä tarvita asennuksen jälkeen. Hyötyä voi olla, jos vaikka haluat kopioida paketit manuaalisesti asennettavaksi toiselle tietokoneelle, jota ei saa kytkettyä verkkoon. Tai jos pidät välimuistin pidempään tyhjentämättä, sinne jää säilöön vanhempia versioita paketeista. Silloin välimuistista voi löytyä toimiva versio jostain paketista, johon on tullut uudemmissa päivityksissä joku hankala bugi.
Komentorivin kautta välimuisti tyhjenee komennolla:
sudo apt-get clean