OK, koska sinulla on siis salattu levy/osio, eikä erillisiä tiedostoja, niin minusta tuo antamasi vaihtoehto 2 kuulostaa järkevältä. Itse boottihan (ja järjestelmätiedostot) kannattaa olla sillä levyllä joka on "nopein" (esim SSD:llä) ja data sitten levyllä joka on mahdollsimman "iso".
Mainitsemassasi salausmekanismissa on tietty kätevää, se, että se on "automaattinen" kunhan vain se tikku on koneessa kiinni.
Toisaalta taas salatun "levyn/levyosion" siirto on hankalaa. Tämän vuoksi suosisin ehkä kuitenkin realcryptiä, jolla saa aikaiseksi sen, että salattu "osio", joka mountataan onkin tiedosto. Sen saa siis helposti myös mukaan / siirrettyä toisaalle jos on tarve ja salatusta tiedostosta saa helposti myös varmuuskopion.