Vähän hankala selittää näin ulkomuistista, mutta joissain Bioseissa pitää todella hämäävästi määritellä käynnistysjärjestys tavallaan erikseen. Siis kiintolevyjärjestyksen ja käynnistysjärjestyksen voi tavallaan muuttaa kummatkin. Eli luultavasti kiintolevyissäsi ei ole mitään vikaa, vaan tuo asetus on pielessä. Nyt menee varsinkin mutuksi, mutta taisi olla, että määritellään tavallaan käynnistävä kiintolevy ja sitten kiintolevyltä erikseen se "käynnistysosio".
1) Tekeekö ubuntun varmuuskopiointi samalla myös Windowsin varmuuskopioinnin?
Ei kyllä voi sanoa antamillasi tiedoilla. Levyn kun varmuuskopioida niin monilla eri tavoilla ja ohjelmilla.
2) Millä voisi testata onko tuo toinen "kadonnut" kovalevy hajoamassa?
Ubuntussa ainakin levytyökalulla (tai sinnepäin ainakin nimi). Sitten Windowsin puolella on Crystalmarkkeja yms. kiintolevytestiohjelmia, jotka tukee s.m.a.r.t tietojen lukua. Niistä paljastuu aika paljon. Tuo Ubuntun työkalu siis lukee samat tiedot.
3) Ehkä vika on emolevyssä tai virtalähteessä?
Kuten jo mainitsin. Erittäin epätodennäköistä.