Itselläni käy samoin hyvin usein päivitysten ja sen jälkeisen kylmän bootin jälkeen.
Asia, ainakin minulla, johtuu siitä, että eri levyt (oikeastaan file systemit, sda1, sdb1 jne) tulevat mountatuksi eri paikkoihin (esim levy1, levy2 jne). Tällöin myös samba.conf tiedoston lopussa näkemäsi samba mountit alkavat olla väärin.
Asian voisi käsittääkseni pysyvämmin korvata sillä, että mounttaisi levyt käyttäen GUIDia jolloin ne pysyisivät paikoillaan.
Pienellä samba.conf tiedoston editoinnilla saa myös korjattua - muistaakseni toimii heti editoinnin jälkeen.