Kun noita ongelmia on useampia, lähtisin itse ihan puhtaalta pöydältä, eli siirtäisin kotihakemistosta kaiken muualle (tai vaikka alihakemistoon) ja sitten sieltä vain säästettävät asiat takaisin. Siirtämisen voi tehdä live-CD:llä tai kirjautumalla ulos työpöydältä ja menemällä tekstikonsoliin (Ctrl-Alt-F1, kirjaudu sisään):
cd ~
mkdir vanha
shopt -s dotglob
mv * vanha/
Tuossa komento "shopt -s dotglob" asettaa komentotulkin ottamaan myös piilotiedostot (.*) mukaan jokerimerkkiä käytettäessä. Se on tärkeää tässä tilanteessa.
Kirjaudu ulos (komenna logout) ja vaihda sitten takaisin työpöydälle: Ctrl-Alt-F7