Minä tuon muistaakseni tein joskus niin, että loin Ubuntussa Thunderbirdiin uuden profiilin oikeilla tiedoilla jne (se oli siis tässä vaiheessa täysin tyhjä, ei viestin viestiä). Sitten sen jälkeen suljin Thunderbirdin ja kopioin nuo profiili -kansion tavarat uuteen profiiliin vanhasta (tällä ei ole väliä onko profiili Windowsin Thunderbirdistä vaiko mistä, kunhan vaan on Thunderbirdistä).
Hyvin on toiminut, kaikki saapuneet, lähetetty ja muut viestikansiot näkyy avot. Itsellä oli profiili pop3:na, en sitten tiedä vaikuttaako jos on imappina..
EDIT. Siis juu se viestikansio ei ollutkaan "Messages" -kansio niin kuin ensiksi muistelin, vaan se olikin ihan kotikansiossa .mozilla-thunderbird/[PROFIILI]/Mail/[kopsattavamailikansio]