kradview (tai muu DICOM viewer) RATKAISTU

[pirttima]

Yritän saada katsottua röntgenkuvia Ubuntulla. Tallennustyyppi näillä  on .dcm eli DICOM. Ohjelmia Linuxiinkin näiden avaaamiseen ja käsittelyyn on, mutta kunnollinen on vielä löytymättä.

Aeskulap - näyttää muuten asialliselta mutta siinä ilmeisesti joku bugi jonka vuoksi kuvia ei tuoreemmilla Ubuntun versioilla saa auki

xmedco - aika jäykän oloinen, avaa osan kuvista mutta ei kaikkia

Nettipohjainen DicomBrowser toimii tähän mennessä parhaiden mutta toimii netissä, ei hyvä.

Haluaisin kokeilla kradviewiä, mutta en osaa asentaa. Paketinhallinnasta ei löydy. ohjelman kotisivuilla on rautalankaohjeetkin jotka ei minulla toimi.

http://www.orcero.org/irbis/kradview/

Installation instructions:

To install kradview, the steps are:

tar -zxf kradview-1.1.0.tgz

cd kradview-1.1.0

./configure

make

make install

And... done!


Kopioin päätteeseen ensimmäisen käskyn, ->
tar: kradview-1.1.0.tgz: Toimintoa open ei voi suorittaa: Tiedostoa tai hakemistoa ei ole
tar: Virhe ei ole korjattavissa, poistutaan nyt
tar: Child returned status 2
tar: Viivästetty virhepoistuminen johtuu aikaisemmista virheistä

Työpöydällä oleva kradview-1.1.0.tgz kansio ei löydy
Sen osaan vielä purkaa Pakettienkäsittelyohjelmalla, mutta cd kradview-1.1.0 ei myöskään löydä kyseistä kansiota työpäöydältä.

Joku perusjuttuhan tämä tietysti on etten osaa osoittaa käskyjä oikeaan kansioon mutta, kun en komentoriviä hallitse niin en hallitse.



Vai tietääkö joku jonkun muun hyvän DiCOM tiedostojen katseluohjelman.

[UbunTux]

Et taida olla samassa hakemistossa. Sinun tarvitsee ainakin aluksi asentaa kde3:n -dev-paketteja sekä build-essentials ja luultavasti muutakin.

Mutta minulla on seuraavia paketteja paketinhallinnalla saatavissa (debian sid, mutta samat löytynee Ubuntusta )

Koodia: [Valitse]

$ apt-cache search dicom
aeskulap - medical image viewer and DICOM network client
ctn - Central Test Node, a DICOM implementation for medical imaging
ctn-dev - Development files for Central Test Node, a DICOM implementation
ctn-doc - Documentation for Central Test Node, a DICOM implementation
dcmtk - The OFFIS DICOM toolkit command line utilities
dcmtk-doc - The OFFIS DICOM toolkit documentation
dcmtk-www - The OFFIS DICOM toolkit worklist www server application
dicomnifti - converts DICOM files into the NIfTI format
igstk-doc - Toolkit for image-guided surgery applications - documentation
igstk-examples - Toolkit for image-guided surgery applications - examples
imagej - Image processing program inspired by NIH Image for the Macintosh
libdcmtk1 - The OFFIS DICOM toolkit runtime libraries
libdcmtk1-dev - The OFFIS DICOM toolkit development libraries and headers
libigstk3 - Toolkit for image-guided surgery applications - runtime
libigstk3-dev - Toolkit for image-guided surgery applications - development
libmdc2 - Medical Image (DICOM, ECAT, ...) conversion tool
libmdc2-dev - Medical Image (DICOM, ECAT, ...) conversion tool
med-imaging - Debian Med imaging packages
medcon - Medical Image (DICOM, ECAT, ...) conversion tool
xmedcon - Medical Image (DICOM, ECAT, ...) conversion tool


[ajaaskel]

Kurkkasin hieman tuota asennusta koneellani. Tuo pakattu tiedosto aukeaa helposti klikkaamalla. Klikkaa uudestaan kunnes olet kradview-1.1.0 hakemiston alla. Pitäisi näkyä sekä hakemistoja että tiedostoja.  Tee kotihakemistosi alle aluksi vaikka kradviev -niminen hakemisto ja pura paketista kaikki tuonne yksinkertaisesti raahaamalla kaikki ikkunasta toiseen.  Sen jälkeen terminaali-ikkunaan ja tarkasta onko sinulla g++ koneellasi eli kirjoita siellä g++ .  Jos ei löydy niin saat ohjeen miten sen saat.
Tämän jälkeen alkaa varsinainen rumba:   Tarvitset yleensä nipun -dev loppuisia kirjastoja.  Vain ohjelman tekijä tietää mitkä mutta seuraavan vaiheen virheilmoituksista voi myös arpoa mitä mahtaisi puuttua. Siispä:
Kirjoita    ./configure     
Nyt pitäisi alkaa tapahtua.  Yleensä se kurahtaa johonkin virheviestiin puuttuvasta kirjastosta. 

Kun tuo vaihe on mennyt läpi ok, voit ajaa:   make

Jälleen tulee rutkasti tekstiä ja jos lopussa ei näy virheitä niin ajettavan ohjelman pitäisi olla syntynyt.

Viimeinen vaihe eli ohjelman asennus pitää tehdä kaikilla oikeuksilla eli "root" oikeuksilla, siispä ajetaan se sudo -komennon avulla:

  sudo make install 

Suositan kuitenkin hankkimaan checkinstall ohjelman joka tekee myös samalla .deb paketin  ja korvaamaan tuon "make install" vaiheen tällä:

sudo checkinstall

Jos kaikki meni hyvin niin se toimii...

[ajaaskel]

Vielä pari asiaa. 1) Kun menet tuonne pääteikkunaan niin vaihda ensi töiksi tekemäsi /kradview hakemiston alle.  Siitä eteenpäin yllämainittu pitäisi toimia.  2) Noita -dev loppuisia paketteja löytyy Synapticin kautta. Joskus voi käydä, että ohjelma vaatii eri versiota -dev kirjastosta kuin Synaptic tarjoaa.   Hieman kiemuraista työtä tämä ohjelman rakennus alkuperäisistä tavaroista.

[janne]

minä lähtisin kyllä ensimmäisenä katsomaan tuota paketinhallinnan kautta suoraan löytyvää aeskulap-softaa. sikäli siis, kun en tietäisi kääntämisestä mitään ja varmaan vaikka tietäisinkin.

Sen jälkeen terminaali-ikkunaan ja tarkasta onko sinulla g++ koneellasi eli kirjoita siellä g++ .  Jos ei löydy niin saat ohjeen miten sen saat.

jos oikeasti jotain meinaa käännellä, niin kannattaa pistää suosiolla paketti nimeltä build-essential, sillä saa kerralla sitten makenkin.

[pirttima]

Aeskulapin sain toimimaan ihan nätisti, ja se näyttää Röntgenkuvat nätisti ja myös kuvan ikkunointia pystyy säätämään. (Ikkunointi tarkoittaa digiröntgenkuvien yhteydessä eri asiaa kuin ikkunat yleensä tietotekniikassa). Aeskulap on kuitenkin ainoastaan katselin, eikä kuvia pysty muokkaaman eikä tallentamaan esim jpeg tai missään muussakaan muodossa, eikä kuvien jatkokäsittely onnistu. Aeskulapin ominaisuudet eivät siiis riitä.

[UbunTux]

xmedcon - Medical Image (DICOM, ECAT, ...) conversion tool
 

[pirttima]

xmedconia jo olenkin käyttänyt ja kuvat saan sillä jpeg muotoon, Tuntuu van kankealta, eikä katselimena ole muuten mieleinen. Siksi vielä haenkin parempaa vaikka esim Aeskulap + xmedconilla saankin sunnilleen tehtyä sen mitä tarvitsee.

[UbunTux]

Ei kai siinä sitten muu auta, kun asentaa lähdekoodista.

Asenna nyt aluksi (kdelibs4 tarkoittaa kden3:n kirjastoja  )
kdelibs4-dev ja build-essential

Koodia: [Valitse]

wget http://www.orcero.org/irbis/kradview/kradview-1.1.0.tgz
tar -zxf kradview-1.1.0.tgz
cd kradview-1.1.0
./configure
make
sudo make install
Tuossa ./configure vaiheessa voi tökkiä, jos ei kaikkea tarvittavaa ole, täytyy ne paketinhallinnasta asentaa (-dev).

[ajaaskel]

Kun asia näyttää olevan tärkeä niin kokeilin hieman. configure kurahtaa lopulta puuttuvaan mcopidl tiedostoon joka liittyy libarts1-dev kirjastoon jonka asennus puolestaan kariutuu virheeseen
Virhe: Riippuvuutta ei voida täyttää: libarts1c2a (= 1.5.10-0ubuntu1). 

[pirttima]

./configure
 Näyttää pitkän rimpsun tarkistuksia. Kaikkia en viitsi kopioida mutta mm.

checking for unistd.h... yes
Tästä ei ilmeisestikään tarvitse huolehtia lainkaan, kun kerran on yes

checking for cf77... no
Pitäisikö tämä c77 hankkia jostain kun kerran on no?

Lopullisesti homma katuu
checking for X... configure: error: Can't find X libraries. Please check your installation and add the correct paths!

[ajaaskel]

Pääsin tuosta yli mutta en muista varmasti mikä kirjasto tuon ratkaisi. Ehdotan asentamaan Synapticilla:  libx11-dev  . Kun pääset tuosta yli niin  tarvitset libarts1-dev .     

[ajaaskel]

Huomasin sattumalta että tämä Kradvier käyttää aRts äänijärjestelmää jonka tuki aiotaan jatkossa lopettaa.  Niin ainakin käsitän sanottavan täällä:

https://wiki.kubuntu.org/RemoveArts

[ajaaskel]

Sain käännettyä Kradview: n ja minulla on .deb paketti (Ubuntu Jaunty amd64) siitä .  Kun käynnistin niin aukeaa muuten ok mutta "ikkunat lytyssä" eli pitää venyttää laatikon nurkasta aina isommaksi niin näkyy ok.  Kun aRts Ubuntu-kirjastoja ei löytynyt niin rakensin sen Debian Lenny -dev kirjastoista.  Näkyi onnistuvan mutta takuitahan tälle ei voi antaa... :-) 

[pirttima]

Joitain KDEn osia olikin jo ennestään asennettuna. mm. libx11-dev. Asensin myös libarts1-dev
Nyt ./configure etenee pitemmälle, kaatuu seuraavaksi

checking for KDE... configure: error:
in the prefix, you've chosen, are no KDE headers installed. This will fail.
So, check this please and use another prefix!

[UbunTux]

Kokeile vaihtaa ./conguren tilalle

Koodia: [Valitse]

./configure --libdir=/usr/lib --includedir=/usr/include/

[ajaaskel]

Oliskohan kdelibs4-dev  mikä puuttuu ?

[pirttima]

Niin minäkin päättelin että kdelibs4-dev olisi puuttuva paketti. Synaptic ei saanut sitä tänään asennettua minulle. Jäi jumittamaan keskenkaiken jonkin riippuvuuden kanssa jota ei saanut asennettua. Ei tänäiltana kyllä mikään muukaan  Ubuntun pakettivarastosta ole liikkunut jouhevasti. Täytyy kokeilla uudelleen toisena päivänä kun linjat eivät ole tukossa Jauntyn asennuksien takia.

[ajaaskel]

Jos se sanoo jonkun puuttuva riippuvuuden niin se tarkoittaa että sinne pitää asentaa edellä jokin paketti ennen tätä pakettia. Näyttää varmaanki mikä puuttuu.

[ajaaskel]

Jos sinulla on Jaunty amd64 koneessasi niin minulla on Kradviev_1.1.0-0_amd64.deb paketti siihen.  Voin laittaa sähköpostilla jos haluat.