Puppyn voi asentaa kiintolevyllekin kahteen eri muotoon, ns. frugal-install tai normaali. Frugal-installissa käyttöjärjestelmä on kolmena tiedostona: kernel, initrd ja sit image, joka sisältää kaiken lopun. Normaali on sit perinteinen, jossa juureen tulee /etc, /usr jne.. hakemistot.
Käyttikset voi laittaa missä järjestyksessä vain.