Jos kääntää lähdekoodeista ohjelmia, kannattaa ne, mikäli mahdollista, asentaa omaan kotihakemistoon. Tällöin ne eivät varmasti häiritse koneen muita ohjelmistoja.
Tämä tehdään helpoimmillaan siten, että jätetään se 'make install'- kohta tekemättä. Ainakin yksinkertaisemmat ohjelmat saa monesti toimimaan ihan mistä kansiosta tahansa käsin. Monimutkaisemmissa taas on yleensä configure- skriptissä parametreja, joilla voi valita kohdekansion. Tällöin siis ajetaan se make install myös. Sudoa ei tarvitse, jos muutoksia tekee vain omaan kansioon.