Linux ja Windows ovat rakenteeltaan hyvin erilaisia. Niin erilaisia, ettei Windowsille tehty virus voi aiheuttaa käytännössä yhtään mitään vahinkoa Linuxissa vaikka sitä sitten ajettaisiin Winellä.
Käytännössä jos viruksen tehtävä on vaikkapa Windowsissa sörkkiä rekisteriin omia merkintöjään, ei se Linuxissa vaikuta yhtään mitenkään, koska Linuxissa ei ole olemassakaan Windowsin rekisteriä vastaavaa järjestelmää/tietokantaa. Wine ei vaikuta tähän mitenkään.
Ja vaikka peruskäyttäjällä on oikeus ajaa winen avulla windowsin ajettavia "exe" -tiedostoja, ei tällä ohjelmalla ole ajonaikana oikeuksia sen enempää kuin normaalistikaan Linuxissa ohjelmilla, eli teoriassakaan Winellä ajettava virus ei pystyisi koskemaan mihinkään muualle kuin käyttäjän kotihakemistoon. Paitsi tietysti jos se hyödyntäisi jotain tietoturva-aukkoa ja hankkisi itselleen rootin oikeudet. Täytyy kuitenkin huomioida, että tällainen virus olisi jo nimenomaan Linuxille suunniteltu, eikä siten kuulu tähän aihealueeseen.
Ja Ubuntuun/Linuxiin yleisesti ei tiettävästi ole mitään merkittäviä haittaohjelmia, mutta ei ole mikään kirkossa kuulutettu sääntö etteikö sellaista voisi joku tehdä. Tätä varten pidetään softa ajan tasalla ja paikataan löydetyt aukot.
