Vaikkei mitään virustorjuntaohjelmaa käytössä olisikaan, niin suojaa on kuitenkin:
-Laadukas perusjärjestelmä
-Unix -tyyppinen tiedostojen käyttöoikeuksien hallinta
-Rajoitetut peruskäyttäjätilit
-Automaattisesti/helposti asennettavat tietoturva- yms päivitykset.
-Palomuuri (tosin esim. Ubuntussa toistaiseksi oletuksena pois käytöstä)
-Vähemmistöasema, Linux -jakeluiden keskinäiset erot ja monimuotoisuus
-jotain varmaan unohtui?
Joillain jakeluilla on lisäksi joitain lisäpalikoita vielä, esim. Fedorassa ja Red Hatissa SELinux oletuksena, Susessa AppArmor. (Nämä jollain tapaa ovat kyllä rinnastettavissa perinteisiin tietoturvaohjelmistoihin)