Käsittääkseni sulla voi olla yhtä aikaa sekä php4 että php5 asennettuna. Eli voit asentaa php5:n ihan normaalisti.# sudo apt-get install php5
MySQL:ää php5:n asennus ei varmasti särje. Phpmyadminkin toimii kyllä myös php5:llä, joten sekään ei varmasti "rikkoudu". php5-paketin lisäksi joutunet asentamaan myös paketit: libapache(2)-mod-php5 (2, jos apache2 käytössä) ja php5-mysql
Miten sen sitten saa käyttöön, eli korvaamaan php4:n, onkin toinen juttu. Varmaan apachen conffiin on jotain riviä muutettava. Tai sitten voit käyttää valinnaisesti php5:tä php4:n tilalla vaikka hakemistokohtaisesti määrittämällä .htaccess tiedostossa .php-tiedostot ajettavaksi php5:llä (AddHandler application/x-httpd-php5 .php). En tiedä mitä asetuksia apachelle (oletan, että apache on käytössä) edellä kuvaamassani tapauksessa on tehtävä, jos on tehtävä.