Compiz on tosiaan se ohjelma, jonka saa kytkettyä päälle ja pois sieltä työpöytätehosteet -valikosta. Compizin säätöön löytyy lisäksi työkalu paketista gnome-compiz-manager.
Beryl on sitten Compizista kehitetty ja laajennettu haara, joka on siis aivan eri ohjelmansa. Sillä on omat asetuksensa ja kerrallaan voi olla päällä vain joko Compiz tai Beryl. Berylin säätöön on omat työkalunsa, Beryl-manager tietääkseni on niistä se yleisin.
Beryl on sitten luultavasti se, jota haluat käyttää, jos haluat paljon efektejä ja säätömahdollisuuksia.