Ehkä eniten tuossa vaikuttaa se, että miten päivitetyn version haluat käyttöön. Oletuksena jos apt:lla asentaa esim. 22.04:lla tuollaisen ohjelman, niin sen kyllä saa ja yleensä se vie vähiten tilaa ja toimii ihan ok, mutta esim. FreeCAD ja monet muut nopeasti muuttuvat ohjelmat, niin ne kannattaa ehkä mieluummin asentaa Flatpak:lla.
Tosin juuri tuossa openscad:ssa, niin lienee sama minkä version asentaa kun se on mikä on ja tuskin kauheasti muuttuu.