Luultavasti kyse on siitä, että kotihakemistosi on nyt määritetty työpöydäksesi. Kurkkaapa, mitä lukee piilotiedoston ~/.config/user_dirs.dirs rivillä XDG_DESKTOP_DIR. Veikkaanpa, että "$HOME/". Kirjoita siihen $HOME/Työpöytä tai minkä kansion työpöydäksesi haluatkin.
PS: Ai niin, tuon jälkeen täytyy luultavasti kirjautua ulos ja takaisin sisään, jotta muutos astuisi voimaan.