Kaikkihan nuo tiedostojärjestelmät toimivat käytännössä, nopeuseroja voi olla, mutta jos tätä periaatteellista keskustelua halutaan jatkaa, niin:
Mielestäni tiedostojärjestelmän allokoimalla ylimääräisellä tilalla, ja varsinkaan niiden eroilla, ei ole kenellekään mitään taloudellista merkitystä.
ext2/ext3/ext4 ovat hyviä, mutta siinä mielessä huonoja, että niiden tiedostojen ja hakemistojen oikeusmäärittelyt ovat voimassa. Tällä ei ole mitään merkitystä järjellisen tietoturvan kannalta (koska media on ulkoinen), mutta hankaloittaa käyttöä. Tosin jos osaa käyttää, niin ei tuollakaan ole väliä (chown, chgrp, chmod, -R ... jne).
ntfs on vastaava, mutta Ubuntun versiot eivät kunnioita tämän järjestelmän oikeuskäytäntöä, joten siksi toimii joustavammin - eli oikeudet on aina kaikkialle suoraan (en ole varma uusimmista Ubuntu versioista).
fat32 (vfat) joustava, ei oikeuspolitiikkaa. Yli 4 GB:n tiedostot eivät toimi, mutta kukapa sellaisia tikulle haluaisikaan - ulkoinen USB-levy on huomattavasti parempi sellaisille. Saattaa kyllä olla hidas Ubuntussa - "mutu" tuntuma vain, en ole testannut tarkemmin. Pienillä siirtomäärillä, eihän 2 GB:n tikulle suuria mahdukaan, ei tälläkään paljoa väliä ole.
Se, että joku tikku ei toimi jossakin koneessa, on mahdollista. Tuskin liittyy tiedostojärjestelmään. Esim. Kingstonin Capless 8 GB mallit eivät toimi tiettyjen Asus-emojen kanssa ollenkaan Ubuntu 9.04:ssa - kaikki muut toimivat, myös Kingstonit.