Ongelma todellakin johtuu poikkeavista tiedostojärjestelmistä. Itselläni ei ole ollut ongelmia NTFS-ajureiden kanssa ja käsittääkseni ne ovat ihan luotettavia nykyään. Helpoin ratkaisu on tallentaa kaikki dokumentit linuxista suoraan Windows-kiintolevylle johonkin kansioon, (Windowsissa kannattaa käyttää samaa kansiota, joilloin muokkaat aina varmasti uusimpia versioita tiedostoista). ln-komennolla voit luoda linkin (vastaa windowsin pikakuvaketta), jolloin kotihakemistossasi näyttäisi olevan esimerkiksi "Documents"-kansio, joka sijaitseekin Windows-kiintolevyllä. Myös esimerkiksi Desktop-kansion voi asettaa yhteiseksi samalla konstilla.
Toinen vaihtoehto on asentaa ext3-ajuri windowsiin, mutta näiden toimivuudesta en osaa sanoa:
http://www.askvg.com/how-to-access-linux-partitions-ext2-ext3-from-windows-in-dual-boot-system/