Jokainen käyttäjä saa säädettyä haluamansa ohjelmat käynnistymään sisääänkirjautumisen jälkeen seuraavasta paikasta: Järjestelmä -> Asetukset -> Istunnot -> Käynnistyvät ohjelmat. Kaikki graafiset ohjelmat, joiden haluaa käynnistyvän automaattisesti (ja jotka eivät osaa tuota seuraavaa kikkaa), kannattaa ainakin sijoittaa tuonne. Toisaalta myös ruksimalla ruudun Järjestelmä -> Asetukset -> Istunnot -> Istunnon asetukset -> Tallenna istunnon muutokset itsestään osaavat monet ohjelmat (XChat, Gaim, ...) käynnistää itsensä sisäänkirjautumisen yhteydessä uudestaan, jos olivat edellisen uloskirjautumisen aikana käynnissä.
Jos taas puhutaan erilaisista taustalla pyörivistä palveluista, jotka käynnistyvät heti koneen käynnistymistä, niin näille tehdään yleensä alustus/lopetus-skripti /etc/init.d/ -hakemistoon, ja linkataan tuo vielä jokaisen runlevelin omaan rcN.d-hakemistoon, jollain prioriteettiluvulla varustettuna. Yleensä kaikki demonit osaavat tehdä tuon kyllä automaattisesti asennuksen yhteydessä, joten siitä on useimmissa tapauksissa turha huolehtia. Tämä onnistuu kyllä helposti manuaalisestikin komennolla update-rc.d.
Kolmas tapa on sitten lisätä komentoja tiedostoon /etc/rc.local. Se onkin tarkoitettu käyttäjän omille komennoille, jotka on tarkoitus kuitenkin suorittaa koneen käynnistymisen yhteydessä, eikä vasta käyttäjäkohtaisesti sisäänkirjautumisen jälkeen.