Kohtaan 4 arvelisin että ~/.pypanelrc tiedostossa on jokin virhe.
poista se tai nimeä joksikin muuksi, niin pypanel ottaa käyttöön oletusasetukset.
Tai kopioi /etc/pypanelrc -> ~/.pypanelrc elikkä
cp /etc/pypanelrc ~/.pypanelrc
Ellei se vika ole sitten jo tuolla /etc/pypanelrc oletusasetus-tiedostossa,
luultavammin ei ole, jos et ole sitä itse editoinut.
Kohtaan 1, en ole varma mitä tarkoitat nautiluksen taustakuvalla. Mutta jos haluat kevyemmän vaihtoehdon kuin nautilus, niin sellainen on Rox-Filer, erinomaisen hyvä filemanageri joka osaa jopa olla suomenkielinen.
sudo apt-get install rox-filer
käynnistyy komennolla rox