Niin että mikä määrää että, kun klikkaat vaikka *.avi tiedostoa, aukeaako se totemilla vai vlc:llä vai millä?
Tiedoston MIME tyyppi. Koneellasi on niistä lista (/usr/share/applications/defaults.list), joka voi muuttua esim. uusia ohjelmia asennettaessa. Kun muutat tiedostotyyppiin liitettyä ohjelmaa (properties->open with), muutokset tallentuvat henk. koht. MIME asetuksiin (~/.local/share/applications/ hakemistoon).
Näköjään hakemiston ominaisuuksista puuttuu tuo "open with" sivu, mutta kun jotain hakemistoa klikkaa hiiren oikealla korvalla, valikossa näkyy "open with other application...". Eiköhän sieltä saa nautiluksen takaisin.
Jos ei saa, kurkkaa hakemistoon ~/.local/share/applications. Siellä pitäisi olla mimeapps.list tai defaults.list. Veikkaan että vika löytyy sieltä.