Hmmh,
Heti tuli ongelma.
Saving debug log to /var/log/letsencrypt/letsencrypt.log
No names were found in your configuration files. Please enter in your domain
name(s) (comma and/or space separated) (Enter 'c' to cancel):
Kuinka tuosta tulee mennä eteenpäin ?
Kerro sille, mitä verkkotunnuksia käytät kyseiselle palvelimelle. Väliin pilkkuja ja välilyöntejä (vähintään toinen näistä, voi olla useitakin) erottamaan ne toisistaan, jos niitä on useampia kuin yksi.
iptablesista ei tarvitse olla tehtynä muuta kuin sallittu sisäänpäin tuleva https-liikenne (portti 443). Näin voi olla jo, en osaa sanoa, onko oletuksena. Käytännössä sitä on syytä säätää vain silloin kun jokin ei toimi.
Itsellänikin tuo certbot on toiminut hienosti Apachen kanssa ja asetukset saa melkein automaattisesti. Muistaakseni pitää käytää virtualhost-asetuksia, vaikka olisi vain yksi verkkotunnus. Nginx vaatii vähän enemmän, kun sille ei ole ollut valmista pluginia, mutta webroot toimii sen kanssa, kunhan muistaa aina välillä käynnistää nginx:n uudestaan, jotta se saa uuden sertifikaatin.
Muista myös laittaa tuo automaattinen uusinta, jotta nuo sertifikaatit uusitaan kolmen kuukauden välein eikä tule käyttökatkoja. Käytännössä riittää laittaa crontabiin tuo renew-komento ajettavaksi pari kolme kertaa päivässä kuten sivulla neuvotaankin.