Perusjutut niin kuin vaikka kopioinnit voi aivan hyvin tehdä ilman komentoriviä, mutta muutama sudenkuoppa on Linuxiin tottumattomalle. Linux pääsääntöisesti kyttää tiedostojärjestelmän oikeuksia, ja kykenet tekemään vain sellaisia juttuja joihin käyttöoikeutesi riittävät. Graafisilla työkaluilla yleensä näkee esim klikkaamalla hiiren oikealla hakemiston kuvaketta ja valitsemalla ominaisuudet ne oikeudet, ja sen kuka hakemiston omistaa.
Toinen juttu sitten, vaikka ntfs:ää periaatteessa tuetaan, ko. tuki on muistaakseni melkoisen epävirallista, eli Linuxin kanssa kannattaa sitten käyttää levyissä sen omia tiedostojärjestelmiä, vaikkapa ext4:ää. Itsellä tuo ntfs tuki ei ole ihmeemmin ryttyillyt, mitä nyt silloin tällöin joku merkintä ollut viallinen ja saanut Windowsin omilla työkaluilla levyä tarkistella, mutta varmuuden vuoksi kuitenkin, käytä mieluusti Linuxin omia järjestelmiä.
*Edit: Ja suhtautuisin sitten suurella varauksella tiedostonhallinnan ajamiseen roottina, ellet ehdottomasti tiedä mitä olet tekemässä. Yleensä asiat voi tehdä jollain muullakin tapaa.
Komentorivin käyttö on vähän makuasia, toistuvat rutiinitehtävät ja kaikenlaiset suodattelut yms. hoituvat sillä kyllä yleensä melkoisesti kätevämmin kuin graafisilla työkaluilla. Ja mieluusti itsekin neuvon mieluummin komentorivi "loitsun", kuin kuvaan sivukaupalla tyyliin: Etsi sellainen ja sellainen kuvake tai valikko klikkaa sitä ja sitten plaa plaa plaa.