OK.
Kaiken tuon perusteella sanoisin, että kyseessä on perustavaa laatua oleva rautavika tai sitten vastaava Ubuntun vika tai administroinnin vika. Jälkimmäinen on mahdollista koska sanot, että olet ladannut Ubuntuun "epävirallisia paketteja". Näin ollen vikaa ei voi laskea Ubuntun valmistajan viaksi - siis välttämättä ei voi.
Itsellä on ollut tuollainen vika Windows-ympäristössä, robocopy:n kanssa, vain kerran. Tällöin oli kyseessä kiinalaisen halpis-2.5" levykelkka, jolloin kopioinnissa syntyi virheitä joita robocopy ei huomannut. Heitin tuon raudan roskiin, koska ammattikäytössä tuollaisella raudalla ei tee yhtään mitään.
Jos edeltä unohdetaan viimeinen vikamahdollisuus (=omat latailut), jonka voisi eliminoida vain erillisellä testillä joka on työläs, niin en osaa sanoa onko syyllinen rauta vai Ubuntu. Syyllisen löytäminen on vaikeaa, koska eihän tuon raudan valmistaja ehkä mitään lupaakaan Linux toiminnasta. Toisaalta, laadukkaampi tuote ehkä toimii paremmin. Ohjelmistojärjestelmän ei pitäisi koskaan mahdollistaa tuollaista vikaa, mutta jos rauta toimii väärin perustavaa laatua olevalla tavalla, niin minkä se ohjelmistojärjestelmäkään sille voi. Joten pattitilanne - ehkä joku viisaampi osaa keksiä parempia testejä - jos tämä nyt sinua tarkemmin kiinnostaakaan?