Elikkä sain vastauksen tähän ongelmaan
http://forum.ubuntu-fi.org/index.php?topic=3763.0 Ubuntun englannin kieliseltä sivustolta.
Jos joudut joka käynnistyksen yhteydessä vaihtamaan näppäimistön tyyppiä joksikin muuksi saadaksesi ääkköset sun muut toimimaan niin tässä fixi:
Mene: System > Preferences > Sessions > Startup Programs tab ja lisää sinne:
xmodmap /usr/share/xmodmap/xmodmap.fi
Tämä näyttäisi toimivan. Itselläni tämän jälkeen jouduin myös vaihtamaan
Layout Optionssista,
Alt/Win key behaviour tabin kohtaan
Add the standard behaviour to Menu key.