Minulla on käytännössä sama ongelma, mutta eri syy. Eli asensin ubuntun windowsin kanssa samalle kovolle ja asennuksen jälkeen windows ei buuttaa. Grub etenee kohtaan "Starting up ..." asti, muttei siitä eteenpäin windowsin valinnan jälkeen. Asensin grubin mbr:n. Koitin jo puhdistaa mbr:n super grub diskillä, mutta windows ei silti startannut. Windows-osio kuitenkin toimii, ja sen tiedostoja voi ubuntusta käsin lukea.
Joitain komentoja tulosteineen: 
 
sudo fdisk -l
Levy /dev/hda: 160.0 Gt, 160041885696 tavua
255 päätä, 63 sektoria/ura, 19457 sylinteriä
Yksiköt = 16065 * 512 = 8225280 -tavuiset sylinterit
    Laite Käynn     Alku          Loppu    Lohkot   Id  Järjestelmä
/dev/hda1   *           1        4750    38154343+   7  HPFS/NTFS
/dev/hda2            6710       19458   102400169    f  W95 Laaj (LBA)
Osion 2 loppu ei ole sylinterin rajalla.
/dev/hda3            4751        4783      265072+  82  Linux / Solaris heittovaihtotiedosto
/dev/hda4            4784        6709    15470595   83  Linux
/dev/hda5            6710       19458   102400168+   7  HPFS/NTFS
menu.lst
title           Microsoft Windows XP Professional
rootnoverify    (hd0,0)
savedefault
makeactive
chainloader     +1