En tiiä miten tuo Folding@home toimii, mutta ainakin seti-projektissa voi rajata itse paljonko levytilaa käytetään laskutehtäville. Todennäköisesti on myös joku asetus työhakemistolle. Jos serverillä ei ole graafista käyttöliittymää, etkä siten voi ajaa boinc-manageria, voit säätää serverikonetta "etänä" eli ajat vain boinc-managerin toisella koneella. Vaatii muistaakseni että toiminto erikseen salltaan serverin puolella. Sitten on myös boinctui eli merkkipohjainen hallintaohjelma, jos etähallinta ei käy.
Kannattaa laittaa se /var omalle osiolleen eli partitiolle (en oo koskaan ollu partiossa, mutta luulen etteivät halua säilöä tiedostojasi). Siirto kannattaa tehdä yhden käyttäjän tilassa tai käynnistämällä kone tikulta. En usko että onnistuu lennossa.