Kiitos nopeasta vastauksesta. En tiedä mitä tein, mutta sain PHP-tiedostot nyt toimimaan ohjeidesi mukaan. Saattoi johtua myös pakettien uudelleenasentamisesta.
hyvähyvä, .htaccess juttuun liittyen, juuri eilen puhisin sen kanssa...
Aikani turasin ja en saanut toimimaan, no sitten lisäsin 
/etc/apache2/sites-enabled/ hakemistossa olevaan 
000-default tiedostoon tämän lohkon:
<Directory /suojatun/hakemiston/polku>
	Options Indexes FollowSymLinks MultiViews Includes
	AllowOverride AuthConfig
	Order deny,allow
        deny from all        
       	AuthType Basic       
       	AuthUserFile /polku/salasana/tiedostoon
        AuthName "login"
        require valid-user
        satisfy any
</Directory>
Jolloin homma lähti toimimaan hienosti, ja ko. hakemistossa ei tarvi olla .htaccess tiedostoa.
Includes liittyy SSI:hin eikä ole tarpeellinen jos SSI ei ole käytössä.
edit:
Siinä on jotakin hyvin outoa nyt, nimittäin täsmällisesti manuaalin mukaan tehtynä:
http://httpd.apache.org/docs/2.0/howto/htaccess.html.htaccess EI toimi, en käsitä miksi. Ja tosiaan kun määräyksen laittaa suoraan tuonne 000-default
tiedostoon homma toimii, mutta pitäisihän se .htaccess saada toimimaan.
Joka tapauksessa 000-default fileeseen pitää lisätä/vaihtaa:
AllowOverride AuthConfigJa apache2.conf pitää olla rivi (tää ei kai ole pakollinen, koska lienee oletusarvo?):
AccessFileName .htaccessMutta se ei kai siltikään ollenkaan lue .htaccess tiedostoa! grrrr! 

Alkaa jo epäilyttämään että tähän liittyy jokin Ubuntun erikoisuusominaisuus (sudo tms.)
edit2:
Ja nyt se sitten lähti toimimaan  kun kun, no kun jotakin tein, ilmeisesti?  

Liimailen tähän nyt asiaan vaikuttavat.
.htaccess joka on suojattavassa hakemistossa:
AuthType Basic
AuthName "tunnuksiasi kaivataan"
AuthUserFile /polku/tunnus/tiedostoon
Require valid-user
/etc/apache2/sites-enabled/000-default<Directory /polku/htdocs/hakemistoon>
    Options Indexes FollowSymLinks MultiViews Includes
    AllowOverride AuthConfig
    Order allow,deny
    allow from all
</Directory>
/polku/htdocs/hakemistoon on sama kuin 
DocumentRoot asetuksessa määritetty,
Elikkä käytännössä, AllowOverride None vaihdetaan AllowOverride AuthConfig
jolloin jos DocumentRoot hakemiston alihakemistoihin laitetaan .htaccess niin se alkaa toimimaan oitis.
Siinäpä kaikki mitä tarvitaan, enkä käsitä miksi se ei toiminut, ilmeisesti joku typo oli jossakin.