Wubin "osio" on Windows-osion sisällä oleva tiedosto. Tästä aiheutuu erinäisiä ongelmia, kuten Windowsin sekoilua Ubuntun levykuvan kasvaessa tai Ubuntun tiedostojärjestelmän hajoamista, jos jokin menee Windows-puolella pieleen. Wubi-asennusta on myös vaikea korjata, jos se hajoaa.
Siis kannattaa asentaa Ubuntu omille osioilleen asennuslevyltä tai USB-tikulta.