Ubuntu Suomen keskustelualueet
Ubuntun käyttö => Multimedia ja grafiikka => Aiheen aloitti: pirttima - 19.04.09 - klo:22.36
-
Yritän saada katsottua röntgenkuvia Ubuntulla. Tallennustyyppi näillä on .dcm eli DICOM. Ohjelmia Linuxiinkin näiden avaaamiseen ja käsittelyyn on, mutta kunnollinen on vielä löytymättä.
Aeskulap - näyttää muuten asialliselta mutta siinä ilmeisesti joku bugi jonka vuoksi kuvia ei tuoreemmilla Ubuntun versioilla saa auki
xmedco - aika jäykän oloinen, avaa osan kuvista mutta ei kaikkia
Nettipohjainen DicomBrowser toimii tähän mennessä parhaiden mutta toimii netissä, ei hyvä.
Haluaisin kokeilla kradviewiä, mutta en osaa asentaa. Paketinhallinnasta ei löydy. ohjelman kotisivuilla on rautalankaohjeetkin jotka ei minulla toimi.
http://www.orcero.org/irbis/kradview/
Installation instructions:
To install kradview, the steps are:
tar -zxf kradview-1.1.0.tgz
cd kradview-1.1.0
./configure
make
make install
And... done!
Kopioin päätteeseen ensimmäisen käskyn, ->
tar: kradview-1.1.0.tgz: Toimintoa open ei voi suorittaa: Tiedostoa tai hakemistoa ei ole
tar: Virhe ei ole korjattavissa, poistutaan nyt
tar: Child returned status 2
tar: Viivästetty virhepoistuminen johtuu aikaisemmista virheistä
Työpöydällä oleva kradview-1.1.0.tgz kansio ei löydy
Sen osaan vielä purkaa Pakettienkäsittelyohjelmalla, mutta cd kradview-1.1.0 ei myöskään löydä kyseistä kansiota työpäöydältä.
Joku perusjuttuhan tämä tietysti on etten osaa osoittaa käskyjä oikeaan kansioon mutta, kun en komentoriviä hallitse niin en hallitse.
Vai tietääkö joku jonkun muun hyvän DiCOM tiedostojen katseluohjelman.
-
Et taida olla samassa hakemistossa. Sinun tarvitsee ainakin aluksi asentaa kde3:n -dev-paketteja sekä build-essentials ja luultavasti muutakin.
Mutta minulla on seuraavia paketteja paketinhallinnalla saatavissa (debian sid, mutta samat löytynee Ubuntusta )
$ apt-cache search dicom
aeskulap - medical image viewer and DICOM network client
ctn - Central Test Node, a DICOM implementation for medical imaging
ctn-dev - Development files for Central Test Node, a DICOM implementation
ctn-doc - Documentation for Central Test Node, a DICOM implementation
dcmtk - The OFFIS DICOM toolkit command line utilities
dcmtk-doc - The OFFIS DICOM toolkit documentation
dcmtk-www - The OFFIS DICOM toolkit worklist www server application
dicomnifti - converts DICOM files into the NIfTI format
igstk-doc - Toolkit for image-guided surgery applications - documentation
igstk-examples - Toolkit for image-guided surgery applications - examples
imagej - Image processing program inspired by NIH Image for the Macintosh
libdcmtk1 - The OFFIS DICOM toolkit runtime libraries
libdcmtk1-dev - The OFFIS DICOM toolkit development libraries and headers
libigstk3 - Toolkit for image-guided surgery applications - runtime
libigstk3-dev - Toolkit for image-guided surgery applications - development
libmdc2 - Medical Image (DICOM, ECAT, ...) conversion tool
libmdc2-dev - Medical Image (DICOM, ECAT, ...) conversion tool
med-imaging - Debian Med imaging packages
medcon - Medical Image (DICOM, ECAT, ...) conversion tool
xmedcon - Medical Image (DICOM, ECAT, ...) conversion tool
-
Kurkkasin hieman tuota asennusta koneellani. Tuo pakattu tiedosto aukeaa helposti klikkaamalla. Klikkaa uudestaan kunnes olet kradview-1.1.0 hakemiston alla. Pitäisi näkyä sekä hakemistoja että tiedostoja. Tee kotihakemistosi alle aluksi vaikka kradviev -niminen hakemisto ja pura paketista kaikki tuonne yksinkertaisesti raahaamalla kaikki ikkunasta toiseen. Sen jälkeen terminaali-ikkunaan ja tarkasta onko sinulla g++ koneellasi eli kirjoita siellä g++ . Jos ei löydy niin saat ohjeen miten sen saat.
Tämän jälkeen alkaa varsinainen rumba: Tarvitset yleensä nipun -dev loppuisia kirjastoja. Vain ohjelman tekijä tietää mitkä mutta seuraavan vaiheen virheilmoituksista voi myös arpoa mitä mahtaisi puuttua. Siispä:
Kirjoita ./configure
Nyt pitäisi alkaa tapahtua. Yleensä se kurahtaa johonkin virheviestiin puuttuvasta kirjastosta.
Kun tuo vaihe on mennyt läpi ok, voit ajaa: make
Jälleen tulee rutkasti tekstiä ja jos lopussa ei näy virheitä niin ajettavan ohjelman pitäisi olla syntynyt.
Viimeinen vaihe eli ohjelman asennus pitää tehdä kaikilla oikeuksilla eli "root" oikeuksilla, siispä ajetaan se sudo -komennon avulla:
sudo make install
Suositan kuitenkin hankkimaan checkinstall ohjelman joka tekee myös samalla .deb paketin ja korvaamaan tuon "make install" vaiheen tällä:
sudo checkinstall
Jos kaikki meni hyvin niin se toimii...
-
Vielä pari asiaa. 1) Kun menet tuonne pääteikkunaan niin vaihda ensi töiksi tekemäsi /kradview hakemiston alle. Siitä eteenpäin yllämainittu pitäisi toimia. 2) Noita -dev loppuisia paketteja löytyy Synapticin kautta. Joskus voi käydä, että ohjelma vaatii eri versiota -dev kirjastosta kuin Synaptic tarjoaa. Hieman kiemuraista työtä tämä ohjelman rakennus alkuperäisistä tavaroista.
-
minä lähtisin kyllä ensimmäisenä katsomaan tuota paketinhallinnan kautta suoraan löytyvää aeskulap-softaa. sikäli siis, kun en tietäisi kääntämisestä mitään ja varmaan vaikka tietäisinkin.
Sen jälkeen terminaali-ikkunaan ja tarkasta onko sinulla g++ koneellasi eli kirjoita siellä g++ . Jos ei löydy niin saat ohjeen miten sen saat.
jos oikeasti jotain meinaa käännellä, niin kannattaa pistää suosiolla paketti nimeltä build-essential, sillä saa kerralla sitten makenkin.
-
Aeskulapin sain toimimaan ihan nätisti, ja se näyttää Röntgenkuvat nätisti ja myös kuvan ikkunointia pystyy säätämään. (Ikkunointi tarkoittaa digiröntgenkuvien yhteydessä eri asiaa kuin ikkunat yleensä tietotekniikassa). Aeskulap on kuitenkin ainoastaan katselin, eikä kuvia pysty muokkaaman eikä tallentamaan esim jpeg tai missään muussakaan muodossa, eikä kuvien jatkokäsittely onnistu. Aeskulapin ominaisuudet eivät siiis riitä.
-
xmedcon - Medical Image (DICOM, ECAT, ...) conversion tool
;)
-
xmedconia jo olenkin käyttänyt ja kuvat saan sillä jpeg muotoon, Tuntuu van kankealta, eikä katselimena ole muuten mieleinen. Siksi vielä haenkin parempaa vaikka esim Aeskulap + xmedconilla saankin sunnilleen tehtyä sen mitä tarvitsee.
-
Ei kai siinä sitten muu auta, kun asentaa lähdekoodista.
Asenna nyt aluksi (kdelibs4 tarkoittaa kden3:n kirjastoja :))
kdelibs4-dev ja build-essential
wget http://www.orcero.org/irbis/kradview/kradview-1.1.0.tgz
tar -zxf kradview-1.1.0.tgz
cd kradview-1.1.0
./configure
make
sudo make install
Tuossa ./configure vaiheessa voi tökkiä, jos ei kaikkea tarvittavaa ole, täytyy ne paketinhallinnasta asentaa (-dev).
-
Kun asia näyttää olevan tärkeä niin kokeilin hieman. configure kurahtaa lopulta puuttuvaan mcopidl tiedostoon joka liittyy libarts1-dev kirjastoon jonka asennus puolestaan kariutuu virheeseen
Virhe: Riippuvuutta ei voida täyttää: libarts1c2a (= 1.5.10-0ubuntu1).
-
./configure
Näyttää pitkän rimpsun tarkistuksia. Kaikkia en viitsi kopioida mutta mm.
checking for unistd.h... yes
Tästä ei ilmeisestikään tarvitse huolehtia lainkaan, kun kerran on yes
checking for cf77... no
Pitäisikö tämä c77 hankkia jostain kun kerran on no?
Lopullisesti homma katuu
checking for X... configure: error: Can't find X libraries. Please check your installation and add the correct paths!
-
Pääsin tuosta yli mutta en muista varmasti mikä kirjasto tuon ratkaisi. Ehdotan asentamaan Synapticilla: libx11-dev . Kun pääset tuosta yli niin tarvitset libarts1-dev .
-
Huomasin sattumalta että tämä Kradvier käyttää aRts äänijärjestelmää jonka tuki aiotaan jatkossa lopettaa. Niin ainakin käsitän sanottavan täällä:
https://wiki.kubuntu.org/RemoveArts
-
Sain käännettyä Kradview: n ja minulla on .deb paketti (Ubuntu Jaunty amd64) siitä . Kun käynnistin niin aukeaa muuten ok mutta "ikkunat lytyssä" eli pitää venyttää laatikon nurkasta aina isommaksi niin näkyy ok. Kun aRts Ubuntu-kirjastoja ei löytynyt niin rakensin sen Debian Lenny -dev kirjastoista. Näkyi onnistuvan mutta takuitahan tälle ei voi antaa... :-)
-
Joitain KDEn osia olikin jo ennestään asennettuna. mm. libx11-dev. Asensin myös libarts1-dev
Nyt ./configure etenee pitemmälle, kaatuu seuraavaksi
checking for KDE... configure: error:
in the prefix, you've chosen, are no KDE headers installed. This will fail.
So, check this please and use another prefix!
-
Kokeile vaihtaa ./conguren tilalle
./configure --libdir=/usr/lib --includedir=/usr/include/
-
Oliskohan kdelibs4-dev mikä puuttuu ?
-
Niin minäkin päättelin että kdelibs4-dev olisi puuttuva paketti. Synaptic ei saanut sitä tänään asennettua minulle. Jäi jumittamaan keskenkaiken jonkin riippuvuuden kanssa jota ei saanut asennettua. Ei tänäiltana kyllä mikään muukaan Ubuntun pakettivarastosta ole liikkunut jouhevasti. Täytyy kokeilla uudelleen toisena päivänä kun linjat eivät ole tukossa Jauntyn asennuksien takia.
-
Jos se sanoo jonkun puuttuva riippuvuuden niin se tarkoittaa että sinne pitää asentaa edellä jokin paketti ennen tätä pakettia. Näyttää varmaanki mikä puuttuu.
-
Jos sinulla on Jaunty amd64 koneessasi niin minulla on Kradviev_1.1.0-0_amd64.deb paketti siihen. Voin laittaa sähköpostilla jos haluat.
-
Kiitos, sikäli kuin ymmärrän minulla ei kuitenkaan ole AMD64 Jayntya
Asensin itselleni Jayntyn ja jatkoin Kradviewin asentamista. ./configurella jälkeen tulevien virheilmoitusten jälkeen asensin puuttuvia riippuvuuksia ja pääsin jälleen virheeseen:
checking for KDE... configure: error:
in the prefix, you've chosen, are no KDE libraries installed. This will fail.
So, check this please and use another prefix!
En kuitenkaan uskalla asentaa kdelibs4-dev pakettia koska se ilmoittaa poistavansa kdelibs5-dev:in ja muutakin. Tarvitsisikohan joku toinen ohjelma tätä? ja särkyyköhän tämä toinen ohjelma jos kdelibs5-dev poistetaan. Mikähän nyt neuvoksi?
-
Noita -dev loppuisia kirjastoja tarvitaan käsitykseni mukaan vain ohjelman kääntämisvaiheessa --- korjatkoon viisaammat jos tämä ei pidä paikkansa ----- Siispä en olisi juuri huolissani niin kauan kuin poistuvat paketit ovat -dev loppuisia. Ja selustan voinee varmistaa sillä, että kirjoittelee ylös mitä sieltä poistuu. Saahan ne poistuvat tavarat takaisin samalla keinolla kuin laitamme nyt toisia kirjastoja käännöstämme varten (jolloin laittamamme tavarat lentävät pois). :-) Itselläni ei ole tuota kdelibs5-dev : iä asennettuna koneeseeni vaan tuo kdelibs4-dev, kurkkasin äsken Synaptic: sta haulla kdelibs .
-
Nyt ./configure kaatuu seuraavasti
configure: error: The important program mcopidl was not found!
Please check whether you installed aRts correctly or use
--without-arts to compile without aRts support (this will remove functionality).
ja tätä aRtsia ei enää tueta 9.04lle, (https://wiki.ubuntu.com/RemoveArts) vaikka 8.10 vielä löytyi kun sen kerran asensinkin. Mitenkähän tämän ongelman saisi ratkaistua?
-
Nyt ./configure kaatuu seuraavasti
configure: error: The important program mcopidl was not found!
Please check whether you installed aRts correctly or use
--without-arts to compile without aRts support (this will remove functionality).
ja tätä aRtsia ei enää tueta 9.04lle, (https://wiki.ubuntu.com/RemoveArts) vaikka 8.10 vielä löytyi kun sen kerran asensinkin. Mitenkähän tämän ongelman saisi ratkaistua?
./configure --without-arts?
-
Taisin jo sanoa, itse hain Debian Lennyn aRts tavarat (kolme pakettia) ja käänsin niillä, toimi ainakin amd64 versiossa... ;-)
-
Niinpä taisit.
Lisäsin Ohjelmalähteisiin:
deb http://ftp.fi.debian.org/debian lenny main
ja päätteeltä avaimet:
gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv A70DAF536070D3A1
gpg --export --armor A70DAF536070D3A1 | sudo apt-key add -
gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv 4D270D06F42584E6
gpg --export --armor 4D270D06F42584E6 | sudo apt-key add -
Synaptic ei kuitenkaan edelleenkään löydä libarts1-dev pakettia. Mitähän minä nyt en ymmärtänyt?
-
Lisäsin Ohjelmalähteisiin: deb http://ftp.fi.debian.org/debian lenny main
Tuota en missään tapauksessa tekisi eli lisäisi ohjelmalähteisiin toisen jakelun asennuslähteitä vaikka Ubuntu perustuukin Debianiin.
Synaptic ei kuitenkaan edelleenkään löydä libarts1-dev pakettia.
Joissakin tapauksissa vain noutaisin tarvittavat paketit, ja asentaisin dpkg:llä huolehtien siitä, etteivät ko. paketit korvaa mitään alkuperäisestä jakelusta (Arts ei siis enää ole osa Ubuntua, joten riski lienee nyt hieman vähäisempi)
Tässä Debian:in paketit, joita libarts1 tarvitsee... Älä kuitenkaan riko Ubuntua ko. pakettejen vuoksi.
http://packages.debian.org/lenny/libarts1-dev
libarts1c2a (= 1.5.9-2)
aRts sound system core components
libartsc0-dev (= 1.5.9-2)
development files for the aRts sound system C support library
libasound2-dev
ALSA library development files
libaudio-dev
Network Audio System - development files
libaudiofile-dev
Open-source version of SGI's audiofile library (header files)
libesd0-dev
Enlightened Sound Daemon - Development files
libglib2.0-dev
Development files for the GLib library
libjack0.100.0-dev
JACK Audio Connection Kit (libraries)
libmad0-dev
MPEG audio decoder development library
libogg-dev
Ogg Bitstream Library Development
libqt3-mt-dev (>= 3:3.3.5)
Qt development files (Threaded)
libvorbis-dev
The Vorbis General Audio Compression Codec (development files)
-
Ei mitään hakumuutoksia vaan käydään tiputtamassa (=imuroimassa) tavarat täältä:
http://packages.debian.org/lenny/libartsc0-dev
http://packages.debian.org/lenny/libarts1c2a
http://packages.debian.org/lenny/libarts1-dev
ja valitaan ne i386 paketit.
Sitten vaan klikataan ja ennetaan asentua....Asennusjärjestys selviää yrittämällä, kyselee kyllä edellistä pakettia jos ei löydä (riippuvuus tämä-ja-tämä...).
-
Siis tarkennus, ei ohjelmalähdemuutoksia vaan klikkaillaan vaan nuo paketit. Se antaa sitten valita asennetaanko suoraan koneelle vai tiputetaanko työpöydälle talteen. Itse tiputin ensin työpöydälle nuo kolme pakettia ja asensin siitä klikkaamalla kyseistä .deb pakettia. Näiden .deb pakettien asennus on tosi helppoa, klikkaat pakettia ja se asentuu vähän samaan tyyliin kuin joku Windowsin Setup -ohjelma tekee. Ei tarvitse mennä pääteikkunaan tekemään ellei halua.
-
No niin
asensin noita paketteja
./configure menee läpi
sudo make
sudo make install
menevät läpi
Mitäs nyt? Onko ohjelma asennettu? Kuinka sen saa käyntiin? (voi olla tyhmä kysymys, mutta olen melko aloittelija)
-
Yksi pieni asia vielä: Lienee suositeltavaa käyttää
"sudo checkinstall" eikä "sudo make install"
kahdesta syystä:
1) Checkinstall asentaa paketin niin että se näkyy Synaptic: in listassa mukana
2) Saat kaupan päälle .deb paketin jolla saat jatkossa helpommin asennettua... ;-)
No, varsinaiseeen asiaan, tällä se käynnistynee pääteikkunasta:
/usr/local/kde/bin/kradview
Tai voit myös tehdä sille käynnistyskuvakkeen työpöydälle eli klikkaa hiiren oikealla työpöytää, valitse menusta "Luo käynnistin...", nimikohtaan kirjoitellan vaikka Kradview ja komentokohtaan /usr/local/kde/bin/kradview niin pitäisi toimia.
-
Kiitos.
sudo checkinstall väittää minulla ettei tälläista käskyä olekaan, mutta ohjelma lähtee pyörimään /usr/local/kde/bin/kradview
käskyllä kuten neuvoit.
Asianosaisille neuvojen antajille iso kiitos avusta, ja kärsivällisyydestä jatkaa avun antamista aina seuraavan ongelman kohdattuani.
Ohjelmana Kradview sen sijaan asentamisen aiheuttamaan vaivaan nähden oli pettymys. Se on pelkkä katselin jolla kuvaa saa zoomattua, mutta ei juuri muuta, Kuvia ei saa tallennettua esim .jpginä tai minään muunakaan jatkokäsittelyä varten. Aeskulap löytyy suoraan pakettivarastosta, ja siinä RTG-kuvien ikkunaa voi säätää helposti. Katselimena Aeskulap on mielestäni Kradviewiä parempi paljon vähemmällä vaivalla.
Jos kuitenkin joku haluaa Kradviewiä kokeilla, laitan tiivistelmän siitä mitä tein minkäkin virheen kohdattuani, muistakaa muokata komennoissa kansioitten nimet omaanne vastaaviksi. Joitain kde ohjelmia minulla olikin ennestään asennettuna joten jos vastaan tulee päätteessä virhe jota itse en kohdannut, googlettakaa kyseinen virheilmoitus ja katsokaa mikä riippuvuus teiltä puuttuu.
kradview-1.1.0.tgz kansion lataaminen työpöydälle http://www.orcero.org/irbis/kradview/
Purkaminen
sudo mkdir /usr/share/kradview
cd /home/jouni/Työpöytä
sudo mv kradview-1.1.0 /usr/share/kradview
cd /usr/share/kradview/kradview-1.1.0
./configure
checking how to run the C++ preprocessor... /lib/cpp
configure: error: C++ preprocessor "/lib/cpp" fails sanity check
See `config.log' for more details.
Asennettu g++
./configure
checking for X... configure: error: Can't find X includes. Please check your installation and add the correct paths!
asennettu
libx11-dev
kdebase-dev
./configure
checking for Qt... configure: error: Qt (>= Qt 3.0) (headers and libraries) not found. Please check your installation!
For more details about this problem, look at the end of config.log.
Asennettu
libqt3-mt-dev
./configure
checking for KDE... configure: error:
in the prefix, you've chosen, are no KDE libraries installed. This will fail.
So, check this please and use another prefix!
Asennettu
kdelibs4-dev
./configure
configure: error: The important program mcopidl was not found!
Please check whether you installed aRts correctly or use
--without-arts to compile without aRts support (this will remove functionality).
Netistä, Debian Lennyn sivuilta. (aRtsin tuki on loppunut, ei löydy Ubuntun pakettivarastosta).
http://packages.debian.org/lenny/libartsc0
http://packages.debian.org/lenny/libartsc0-dev
http://packages.debian.org/lenny/libarts1c2a
http://packages.debian.org/lenny/libarts1-dev
ja valitaan ne i386 paketit.
Sitten vaan klikataan ja annetaan asentua
./configure
Good - your configure finished. Start make now
sudo make
sudo make install
/usr/local/kde/bin/kradview
-
Se puutuva checkinstall, kirjoitetaan Sovellukset / Apuohjelmat / Pääte -ikkunaan tämä rimpsu niin asentuu:
sudo apt-get install checkinstall
Harmillista että siitä ohjelmasta ei ollut suurtakaan iloa mutta sitkeys palkittiin kuitenkin niin että seuraavan ohjelman kokoonlaittaminen "muruista" sujuu nyt helpommin --- osaaminen karttui ja antaa mahdollisuuden jatkossa testata myös noita vaikeammin asennettavia ohjelmia. Aina kun ei ole valmista .deb -pakettia saatavana vaikka niitä on tänä päivänä jo kyllä todella paljon.